Фамилия Шабаева ведет свое начало от мусульманского мужского имени Шабай, которое в переводе с арабского означает «юнец, юноша». Менее вероятной представляется гипотеза, согласно которой, фамилия Шабаева образована от прозвища Шабай из русского диалектного глагола «шабайдать» - «шептать, шушукать». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шабаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.