Фамилия Шабаев ведет свое начало от мусульманского мужского имени Шабай, которое в переводе с арабского означает «юнец, юноша». Менее вероятной представляется гипотеза, согласно которой, фамилия Шабаев образована от прозвища Шабай из русского диалектного глагола «шабайдать» - «шептать, шушукать».