Фамилия Шабокаев — редкая и, на первый взгляд, тюркская по звучанию. Её основа, «Шабокай», скорее всего, представляет собой диалектный вариант личного имени или прозвища. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «шабак» или «шабака» может означать «сеть» (рыболовную или паутину), а также «мелкая рыба» (например, «шабак» — плотва или уклейка в тюркских языках Поволжья). Таким образом, Шабокай — это человек, связанный с рыболовством: либо тот, кто плетёт сети, либо ловит мелкую рыбу. Возможна и другая версия: «шабака» в переносном смысле — «хитрый, изворотливый, как рыба в сети», то есть прозвище могло характеризовать характер.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Фамилии на «-ев» (в отличие от «-ин») типичны для тех случаев, когда основа оканчивается на согласный или «й». «Шабокай» даёт «Шабокаев» — буквально «сын (или потомок) Шабокая». Такая модель была распространена в среде крещёных татар, башкир, а также у казаков и крестьян, контактировавших с тюркским населением.

Географически фамилия Шабокаев тяготеет к регионам Поволжья и Урала: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Самарская области. Встречается она и у астраханских казаков, что подтверждает версию о рыболовецком промысле предков. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется — это говорит о её позднем оформлении (вторая половина XIX века) и локальном бытовании. Сословно носители, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками, а не дворянами.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с арабским «шабака» — «сеть», но уже через исламскую культуру. Однако фонетика «Шабокай» (с ударением на последний слог) типична именно для тюркских языков, а не для арабского. Поэтому версия с рыболовством или прозвищем — основная.