Фамилия Шабоев — редкий для русского слуха случай. Её происхождение почти наверняка связано с народами Северного Кавказа, в первую очередь с осетинами. Основа фамилии — мужское имя Шабо (или Шаббо), которое у осетин является краткой формой от имени Шамиль или же самостоятельным именем с корнем «шах» (царь, правитель). Суффикс -ев указывает на модель образования, характерную для русских фамилий, которую активно перенимали горские народы в XIX–XX веках при оформлении документов и записи в метрические книги. Дословно Шабоев — «потомок Шабо», «из рода Шабо».

В осетинской среде фамилия географически привязана к Дигорскому ущелью (северная Осетия). Там встречается вариант Шабоевых, чьи предки носили фамилию Шаботи (Шабота), что говорит о патронимической основе: когда-то родоначальника звали Шабота, а его дети записывались уже с русским окончанием. В этом смысле Шабоев — не столько прозвище, сколько указание на имя деда или отца, что типично для многих кавказских фамилий, адаптированных под российскую бюрократию.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: тюркское происхождение. В казахском и башкирском языках есть слово «шаба» — «быстрый», «резвый», а также «шабу» — «рубить», «сечь». Если фамилия возникла в среде тюркских народов, то Шабоев мог быть прозвищем ловкого джигита или рубщика. Однако для тюркских фамилий более характерен суффикс -ов/-ев, а вот имя Шабо в тюркском ареале почти не встречается, что делает осетинскую версию основной.

Встречаемость фамилии в современной России невысокая: большинство носителей живут в Северной Осетии — Алании, а также в Кабардино-Балкарии и Ставропольском крае. Встречаются Шабоевы и среди ингушей, что объясняется историческими миграциями и браками между соседними народами. Социальный состав предков был крестьянским — горцы, занимавшиеся скотоводством и земледелием, реже — ремеслом. Сведений о дворянском происхождении или массовой урбанизации фамилии нет.

В написании фамилии путаницы почти не бывает: ударение устойчиво на последний слог — Шабо́ев. Встречающийся изредка вариант Шабаев — это уже другая фамилия, восходящая к тюркскому имени Шабай, и путать их не стоит.