Фамилия Шабонеев — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива, а корень слова неочевиден. На слух она напоминает фамилии на «-еев», образованные от тюркских имен (вроде Батырев, Утешев), но её основа вызывает вопросы у лингвистов.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища или имени Шабоней. Это могло быть вариантом тюркского имени Шабан (от арабского ша‘бан — название восьмого месяца лунного календаря). В русской среде имя Шабан нередко адаптировали: Шабан — Шабаней — Шабоней. Суффикс «-ей» — типичный для тюркских имен в русской огласовке (сравните: Асан — Асаней, Усман — Усманей). Тогда фамилия Шабонеев — это отчество: «сын Шабонея».

Вторая версия, менее популярная, но не лишённая смысла: связь с диалектным словом «шабон» или «шабонить». В некоторых говорах так называли небрежного, неряшливого человека, а глагол «шабонить» означал «шаркать, волочить ноги». Однако эта гипотеза слабая: суффикс «-еев» при таком прозвище дал бы форму Шабонов, а не Шабонеев. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически смешивались русские и тюркские народы. В документах XVII–XVIII веков, например, среди служилых татар и крещёных «инородцев» Казанской и Оренбургской губерний, можно найти похожие имена-основы. Носители Шабонеевых, скорее всего, происходили из той среды, где родовые прозвания фиксировали по отцу, а не по занятию.

Фамилия не получила широкого распространения и не обросла известными персонами в истории. Это делает её ценной для локальных генеалогических поисков: каждый Шабонеев, скорее всего, связан с конкретной ветвью, не размытой по всей стране.