Фамилия Шабонина — женская форма от Шабонин, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. В основе лежит прозвище Шабо́ня. Такая модель с суффиксом -оня характерна для северных и центральных русских говоров: от нецерковных имён или прозвищ образовывали ласкательные формы (Саврас — Савроня, Кощей — Кощоня). Шабо́ня, скорее всего, связано со словом «шабала» — так в диалектах называли пустомелю, болтуна, а также негодную вещь, хлам. Сравните: «шабалить» — пустословить, сплетничать. В ономастике эта линия прослеживается в фамилиях Шабалин, Шабалов, Шабанов, но Шабонин стоит особняком именно из-за редкого суффикса -оня.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с украинским или белорусским «шаба» (лягушка). Однако географически фамилия Шабонины встречается в основном в Вятской и Пермской губерниях, где «шаба» в значении «лягушка» не фиксируется. Поэтому диалектное «шабала» как основа прозвища выглядит убедительнее.

Если отталкиваться от значения «пустомеля», то предок-носитель прозвища Шабо́ня был человеком словоохотливым, любителем поговорить, возможно, балагуром. В крестьянской среде такие прозвища давали без злого умысла — скорее как констатацию привычки. В документах XVII–XVIII веков подобные имена встречаются в писцовых книгах Русского Севера, где фиксировали «Шабоньку Иванова сына» или «Шабоню Федотова».

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Шабонин, то есть сын или потомок Шабони. Женская форма Шабонина исторически означала «жена Шабонина» или «дочь Шабонина», а в современном употреблении стала просто фамилией женщины. Встречаемость фамилии невысокая, сосредоточена в Кировской области и Пермском крае — это подтверждает её севернорусское происхождение.