Фамилия Шабогина — женская форма фамилии Шабогин, и в ней, как и в большинстве русских фамилий, ключ к происхождению лежит в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Основа «Шабог» или «Шабога» — это нестандартный, редкий антропоним, и его этимология вызывает несколько гипотез, из которых одна выглядит наиболее убедительной.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Шабога, которое могло быть связано с диалектным словом «шабога» или «шабура». В северных и сибирских говорах «шабурой» называли плохую, изношенную одежду, а также нерасторопного, неопрятного человека. Суффикс «-ин» (в мужской форме Шабогин) указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Шабоги», то есть потомок человека, носившего такое прозвище. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища, данные за внешний вид или характер, закреплялись в качестве родового имени.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими или финно-угорскими корнями. Слово «шаб» в некоторых тюркских языках означает «ночь», а «ог» — «сын», что могло бы дать значение «ночной сын» или «рождённый ночью». Однако такая конструкция нетипична для русской модели фамилий, и скорее всего, это случайное фонетическое совпадение. Также не стоит исключать, что в основе лежит крестильное имя Савватий или Савва в его просторечной форме «Шаба» — тогда Шабога могло быть уменьшительно-ласкательным вариантом. Но для этого нет устойчивых диалектных подтверждений.

Географически фамилия Шабогин встречается крайне редко. Основные очаги — центральные и северные регионы России, особенно Вологодская и Кировская области, где диалектная лексика с корнем «шаб-» была распространена. Это косвенно подтверждает версию о прозвищном происхождении от «шабуры».

Таким образом, предок современной носительницы фамилии Шабогина, скорее всего, был человеком, получившим прозвище за небрежный вид или медлительность, либо, что тоже вероятно, за привычку носить старую, поношенную одежду. В крестьянской среде такие прозвища давались без злого умысла, часто как бытовая характеристика, и со временем стали фамилией, утратившей первоначальный оттенок.