Фамилия Шаногина — женская форма фамилии Шаногин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который образован по стандартной русской модели: к основе прозвища или имени Шанога добавили притяжательный суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Шаногин», то есть сын или потомок Шаноги. Сама основа Шанога — редкая и неочевидная, поэтому здесь возможны две основные версии происхождения.

Первая и наиболее вероятная версия связывает Шаногу с глаголом «шанать» или «шанить», который в северных и сибирских говорах означал «шалить, проказничать, дурачиться». В этом случае Шанога — прозвище для бойкого, озорного или несерьёзного человека. Такие прозвища от глаголов с суффиксом -ога (сравните «вертога» от «вертеть» или «ломога» от «ломать») встречаются в русской ономастике, хотя и не массово. Географически фамилия Шаногин (и Шаногина) тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Архангельской, Костромской, что косвенно подтверждает диалектную природу основы.

Вторая версия, менее убедительная, выводит Шаногу из тюркских языков, где «шан» может означать «слава» или «честь», а аффикс -ога мог быть приспособлен к русскому уху. Однако в таком случае фамилия скорее всего получила бы суффикс -ов (Шаногов), а не -ин, и не имела бы такой чёткой северной привязки. Поэтому диалектное происхождение от прозвища Шанога («озорник») выглядит предпочтительнее.

Встречается и вариант написания с буквой «ё» — Шаногина, но он не меняет смысла: ударение в фамилии обычно падает на второй слог (Шанóгина), хотя в некоторых семьях произносят с ударением на первый (Шáногина), что может указывать на местный говор. Встречаемость фамилии невысокая, что делает её редкой и локальной — предки носительницы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных губерний, а прозвище закрепилось за родом из-за яркой черты характера первого носителя.