Фамилия Шаногин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шаногин означает «сын (или потомок) Шаноги». Сама основа — Шанога — в современных говорах почти не встречается, но её можно реконструировать.

Скорее всего, Шанога — это вариант древнерусского нецерковного имени Шаня или Шан, которое фиксируется в исторических документах. Имя Шаня могло быть уменьшительной формой от славянских имён вроде Шандра или Шанька, а могло восходить к диалектному слову «шаньга» — так в северных и сибирских говорах называют ватрушку или лепёшку с творогом. В таком случае прозвище Шанога дали человеку, который пёк шаньги или любил их есть. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «шан» (слава, почёт), но для русской фамилии это скорее случайное созвучие.

Суффикс -ин в фамилии Шаногин указывает на её исконно русское происхождение, а не на украинское или белорусское (там чаще использовали -енко, -ук, -ович). Такие фамилии на -ин обычно возникали в среде крестьян и посадских людей, реже — у дворян. Географически фамилия Шаногин тяготеет к северу и северо-востоку России: Вологодская, Архангельская, Кировская области, а также Урал. В этих краях слово «шаньга» было в ходу, что косвенно подтверждает «кулинарную» версию.

Встречаются и однокоренные фамилии: Шанин, Шаньгин, Шаньков. Шаногин стоит особняком из-за редкого окончания основы на -ога, что делает её более древней по звучанию. Никаких знаменитых носителей с этой фамилией в истории не зафиксировано, но это не редкость для фамилий, возникших в глухих деревнях: они просто не попали в официальные списки дворянства или купечества.