Фамилия Шанагина — редкий случай, где на первый план выходит не прозвище или профессия, а географическая привязка, скрытая за неочевидным корнем. В основе, скорее всего, лежит топоним — название реки Шанага, которая протекает в Забайкалье, в бассейне Аргуни. В этом регионе издавна жили казаки и крестьяне-старообрядцы, и фамилии по названиям местных рек и урочищ — характерная черта сибирской и забайкальской ономастики. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить её по месту жительства: «шанагинский» — выходец с реки Шанаги, а затем фамилия сократилась до формы Шанагин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Шанагин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Шанага. Но если прозвища Шанага в русском языке не зафиксировано, то версия с речным названием становится основной. В пользу этого говорит и то, что фамилия встречается в основном в восточных регионах России — в Забайкалье, Приамурье, а также у потомков переселенцев в Сибири.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским или монгольским словом «шанага» — «сани», «полозья». В этом случае прозвище Шанага могли дать человеку, делавшему сани, или тому, кто зимой передвигался только на них. Однако эта версия слабее: фамилия не характерна для татарских или башкирских родов, где подобная основа дала бы суффикс -ов (Шанагов).

Фамилия Шанагина — женская форма, образованная по тому же принципу, что и мужская Шанагин. В дореволюционной России такие фамилии фиксировались через окончание -а для женщин, и в современных документах эта форма закрепилась как неизменяемая. Если искать однокоренные фамилии, то стоит обратить внимание на Шанаев, Шанин и Шанов, но их корни, скорее всего, иные — от имени Шаня (производное от Александра или Степана).

Таким образом, носительница фамилии Шанагина почти наверняка имеет предков из Восточной Сибири или Забайкалья, чья фамилия произошла от названия реки, а не от личного имени или ремесла.