Фамилия Шамагина — женская форма фамилии Шамагин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шамага. Слово это тёмное и редкое, поэтому сразу стоит сказать: однозначной этимологии нет, но есть две рабочие версии, и одна из них выглядит убедительнее.

Первая и самая вероятная связывает корень с диалектным глаголом «шамать» — в русских говорах это значит «жевать», «есть», а иногда «чавкать» или «говорить невнятно». Прозвище Шамага могли дать человеку с такой манерой речи или еды. Подобные прозвища от физиологических особенностей — частый источник русских фамилий (ср. Жевакин, Чавкин). Суффикс -а- в основе указывает на то, что это именно прозвище, а не крестильное имя.

Вторая версия отсылает к тюркским языкам. В татарском и башкирском «шамак» — это «плеть», «кнут», а «шамага» могло быть уменьшительной формой. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, фамилия Шамагины не привязана к регионам с сильным тюркским влиянием, во-вторых, суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от русских прозвищ на -а, а не от заимствованных основ.

По модели образования фамилия относится к «патронимическим»: суффикс -ин означает «чей?» — сын Шамаги, то есть потомок человека по прозвищу Шамага. В русской ономастике это одна из самых распространённых моделей, наряду с -ов/-ев. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская: такие прозвищные фамилии редко встречались у высших сословий.

Географически фамилия Шамагин встречается разрозненно, но заметное число носителей зафиксировано в Вятской губернии и в Поволжье. Это косвенно подтверждает первую версию: в вятских говорах слово «шамать» фиксируется как «есть», «жевать» именно с тем оттенком, который мог дать прозвище.

В итоге: Шамагина — фамилия от прозвища, скорее всего связанного с манерой есть или говорить. Предки были простыми людьми, жившими в северных и центральных губерниях России.