Фамилия Шананина — женская форма, а её мужской вариант — Шананин. Оба образованы по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шананин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Шанана. Основа здесь, судя по всему, нецерковная, а прозвищная.

Самая вероятная версия — связь с глаголом «шанать». В русских говорах, особенно южных и западных, «шанать» означало «шататься», «слоняться без дела», «бродить». Прозвище Шанана, таким образом, могли дать человеку непоседливому, любящему побродить или тому, кого часто видели в разъездах. В тверских и псковских говорах «шана» — это ещё и бранное слово, вроде «шантрапа» или «бродяга». Вряд ли прозвище было ласкательным, скорее — бытовым и описательным.

Менее распространённая, но возможная версия — от тюркского имени Шана (Шан) или от слова «шан» (слава, честь, достоинство). В таком случае фамилия могла возникнуть в среде татарского или башкирского населения, где суффикс -ин прибавлялся по русской модели уже при оформлении фамилий. Однако для фамилии Шананин такая этимология менее типична: в тюркских фамилиях чаще встречаются суффиксы -ов/-ев.

Встречается фамилия Шананина в основном в центральных и южных регионах России, а также на Урале — там, где были сильны диалектные говоры, сохранившие слово «шанать». В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего фиксировались среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не известно.

Однокоренные фамилии — Шанин, Шаньгин, Шанаев. Все они восходят к той же основе «шан-» с разными суффиксами, но у Шананина суффикс -ин указывает на прямое отчество от конкретного прозвища Шанана, а не от имени Шаня или Шанька. Это делает фамилию более древней по модели образования.