Фамилия Шабунина образована от прозвища Шабуня. По одной из версий, оно ведет свое начало от глагола «шабунять» - «шутить, подшучивать». Вероятно, такое прозвище мог получить шутник, веселый человек, либо скоморох. Согласно другой, менее вероятной гипотезе, в основу прозвища легло слово «шебуня» – «шуба, овечий тулуп». В этом случае прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии. Шабуней, вероятно, прозвали мастера, который занимался пошивом тулупов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шабуня, со временем получил фамилию Шабунина.