Фамилия Шабунев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с диалектным глаголом «шабунять», то есть шуметь, кричать, браниться, буянить. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «шабуня» — это крикливый, сварливый человек, задира. Так могли прозвать не просто шумного соседа, а того, кто постоянно затевал ссоры или громко выражал недовольство. Модель образования проста: к основе «Шабун-» добавили притяжательный суффикс «-ев», указывающий на принадлежность к роду Шабуня («чей?» — Шабунев сын, внук). Фамилия стоит в одном ряду с Шабуновым, Шабуниным, Шабуровым, но отличается именно огласовкой суффикса.

Интересно, что в белорусском языке есть слово «шабуня» — «шум, гам», а в польском «szabun» — «суматоха». Это позволяет предположить, что прозвище могло возникнуть на западнорусских или белорусских землях, в зоне контакта языков. Географически фамилия встречается точечно: её фиксировали в Витебской губернии, в некоторых списках переселенцев в Сибирь, а также в современных записях по Могилёвской и Смоленской областям. Это указывает на локальное, а не широкое распространение — носители Шабуневых, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних селений.

Версия о происхождении от имени Шабун как варианта христианского имени Савватий или Севастьян маловероятна: такие сокращения нехарактерны для русской антропонимии, и в словарях личных имён аналогов нет. Поэтому основная и самая надёжная гипотеза — прозвищная, от характера. Предок-носитель фамилии был, по всей видимости, человеком с громким голосом и крутым нравом, которого в округе знали как забияку или крикуна. Сословной привязки нет: фамилия встречалась и у крестьян, и у мещан, что типично для прозвищ, описывающих поведение.