Фамилия Шабуев происходит от прозвища, которое могло быть дано человеку с определенными чертами характера или внешности. В основе лежит тюркское слово «шабу» или «шабул», что в разных диалектах означает «быстрый», «проворный», «резвый». В казахском и татарском языках есть глагол «шабу» — «скакать», «мчаться», «нападать». Таким образом, прозвище Шабуй могли дать подвижному, энергичному человеку, отличному наезднику или воину.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Это типично для Поволжья, Приуралья и Сибири, где русские фамилии возникали у татар, башкир, казахов при переходе в православие или просто при оформлении документов. Фамилия Шабуев встречается преимущественно у татар и башкир, а также у русских, чьи предки жили в смешанных регионах.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с арабским именем Шабу (от «шабб» — юноша, молодой человек), но такое имя в тюркской среде не было распространено. Также существует гипотеза о происхождении от кавказского корня, но она не подкреплена географией фамилии — основные носители живут в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.

С точки зрения словообразования, фамилия относится к патронимическому типу: Шабуй + -ев. Сын Шабуя, то есть потомок человека по прозвищу Шабуй. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи о служилых татарах и ясачных крестьянах с такой фамилией, что подтверждает давнее бытование в среде тюркского населения.