Фамилия Шабунаева — женская форма фамилии Шабунаев, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени дальнего предка-мужчины. Основа здесь — «шабун», слово нечастое и диалектное. В русских говорах, особенно на юге и в Сибири, «шабуном» могли называть человека нерасторопного, медлительного, «шлёндру» или того, кто ходит вразвалку. Глагол «шабунять» в некоторых областях означал «шататься без дела», «слоняться». Таким образом, Шабунаевы — потомки человека, получившего прозвище Шабун за свою неторопливость или безалаберность.

В словообразовании фамилии есть особенность. Суффикс -аев (-аев) в русских фамилиях обычно указывает на тюркское или, реже, финно-угорское влияние, но в данном случае он мог закрепиться через патронимическую модель: от прозвища Шабун образовали отчество Шабунай (по аналогии с «сын Шабуна»), а от него уже по стандартной схеме — Шабунаев. Встречается и более редкий вариант Шабунин, с суффиксом -ин, и обе формы фиксируются в документах XVII–XVIII веков, что говорит о давнем бытовании прозвища.

Географически фамилия Шабунаев (и Шабунаева) тяготеет к Волго-Вятскому региону и Уралу. В переписях XIX века носители фамилии встречаются в Вятской и Пермской губерниях, а также среди казачества Оренбуржья. Это позволяет предположить, что предки могли быть государственными крестьянами или однодворцами, а не дворянами — фамилия не фиксируется в родословных книгах высшего сословия.

Версия о происхождении от тюркского имени Шабан (через форму Шабан-ай) менее вероятна, хотя фонетически возможна. Прямых следов тюркского корня в бытовании фамилии нет, а смысловая связь с русским диалектным словом «шабун» прослеживается чётче и подтверждается параллельными прозвищами, такими как Шабала, Шабалда, Шабур.