Фамилия Шабуова — это женская форма, образованная от мужской фамилии Шабуов. Такая модель типична для тюркских и кавказских народов, где фамилии часто передаются с суффиксами принадлежности, а окончание -а указывает на женщину. Основа фамилии — Шабу — скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. Скорее всего, корень связан с тюркским словом «шабул» или «шабу», что в некоторых диалектах означает «быстрый», «проворный» или «резвый». В казахском языке, например, есть слово «шабу» — «бежать», «мчаться», от которого могли образовать прозвище для ловкого или подвижного человека.

Версия с арабским или персидским влиянием менее вероятна, хотя фонетически фамилия напоминает имя Шабу, которое встречается у народов Средней Азии. В ономастике подобные фамилии часто фиксируют прозвище, данное по характеру или поведению предка. Суффикс -ов указывает на «сына» или «потомка» такого человека, что характерно для фамилий, возникших в Российской империи среди тюркоязычных народов в XIX–XX веках.

Географически фамилия Шабуова встречается в основном в Казахстане и среди казахов, а также в некоторых регионах Узбекистана и Киргизии. В российских архивах она редка, что подтверждает её локальное происхождение. Предки носителей фамилии могли быть скотоводами или воинами, где быстрота и ловкость ценились особенно — отсюда и прозвище. Социальный статус, скорее всего, был невысоким: фамилии такого типа обычно возникали у простых кочевников или крестьян, а не у знати.

Если рассматривать однокоренные фамилии, то Шабуов — самая распространённая мужская форма, а Шабуева — вариант с другим окончанием, характерный для русскоязычной среды. Встречается также фамилия Шабулин, но её корень может быть другим, связанным с русским словом «шабурить» (шептать). Для фамилии Шабуова связь с тюркскими языками остаётся основной и наиболее правдоподобной.