Фамилия Шабуняева — яркий пример того, как редкая словообразовательная модель может рассказать о происхождении предка больше, чем очевидный корень. В русской ономастике фамилии на -яев встречаются нечасто, и их появление обычно связано с адаптацией прозвищ или имен, оканчивающихся на -яй. В данном случае основа «Шабун» или «Шабуня» могла быть прозвищем, а суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Шабуни). Женская форма Шабуняева — это вариант фамилии, закреплённый за женщинами, но происхождение у неё то же самое.

Корень «шаб-» в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «шабуня» или «шабунить» означало «шептать», «бормотать», «говорить невнятно». Прозвище Шабуня могли дать человеку с тихой, неразборчивой речью или, наоборот, тому, кто любил пошептаться, посудачить. Вторая, менее распространённая версия, связывает основу с тюркскими языками: «шабан» (сытый, тучный) или «шабун» (глина, слякоть). Однако для фамилии Шабуняева славянская диалектная этимология выглядит правдоподобнее — суффикс -яй типичен именно для русских прозвищ, образованных от глаголов (ср. Гуляй, Болтай, Шептуня).

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу. В переписях XIX века носители фамилии Шабуняев (и её варианта Шабуняев) фиксировались в Вятской, Пермской и Казанской губерниях — регионах, где смешивались русские северные говоры и местные финно-угорские языки. Это объясняет и сохранение редкого суффикса: в зонах активного диалектного разнообразия прозвища дольше не стандартизировались.

Сословно предки Шабуняевых, скорее всего, были государственными или экономическими крестьянами. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия не встречается среди дворян или купечества, что подтверждает её «прозвищное» происхождение от бытовой черты человека. Фамилия не изменила форму при переходе в женский род: окончание -а — это стандартный грамматический маркер, а не отдельная ветвь рода.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Шабуров, Шабунин, Шабуневич), то Шабуняева стоит особняком именно из-за суффикса -яй. Он указывает на то, что прозвище было активным, «глагольным» — то есть характеризовало человека по действию, а не по статическому признаку. Так что, скорее всего, первый Шабуня был не просто молчуном, а тем, кто постоянно что-то «шабунил» себе под нос.