Скорее всего, оно происходит от глагола «шабунять» - «шутить, подшучивать». Таким образом, прозвище Шабуня мог получить шутник, веселый человек, либо скоморох. Возможно, в основе прозвища лежит слово «шебуня» – «шуба, овечий тулуп». В этом случае Шабуней могли прозвать мастера, шившего тулупы, либо того, кто их носил. Существовало и слово «шобуня» со значением «плохой работник, бездельник». Наконец, нельзя исключить, что прозвище, послужившее основой для этой фамилии было образовано из глагола «шебунять» - «ковырять, копаться». Соответственно, Шабуней могли называть нерасторопного человека. Веселовского зафиксированы Шобуня Матвеев, крестьянин, конец XV в., Новгород; Шабуня Михаил Елизарович, 1425 г., Радонеж.