Фамилия Шабовта — редкая, её происхождение не лежит на поверхности, и сразу бросается в глаза необычное окончание. В русских фамилиях суффикс -овта не встречается, что почти наверняка указывает на нерусскую основу. Скорее всего, перед нами фамилия украинского или белорусского происхождения, записанная на слух.

В основе фамилии лежит прозвище Шабата или Шабовта. Самое вероятное объяснение ведёт к диалектному украинскому или польскому слову «шабат» или «шабаш» — еврейская суббота, день отдыха. Прозвище Шабата мог получить человек, чем-то примечательный в этот день: родившийся в субботу, соблюдающий субботний покой (возможно, крещёный еврей или человек, тесно связанный с еврейской общиной), либо, напротив, ленивый, «отдыхающий» не вовремя. В польском языке есть слово «szabata» с тем же корнем, означающее «суббота».

Фамилия образована по продуктивной украинской модели: к основе Шабат- добавился суффикс -ов-, а затем окончание -а (характерное для украинских фамилий, ср. Шевченко, Коваленко, но здесь — без окончания -о, а с -а). Получается Шабовта — буквально «сын (или потомок) Шабаты». Такой тип фамилий (на -овта) встречается в западных регионах Украины, особенно в Подолье и на Волыни. Возможен и вариант, что фамилия — славянизированная форма еврейской фамилии Шабтай или Шабатай (от имени Шабтай, означающего «рождённый в субботу»).

Вторая, менее вероятная версия — от тюркского корня «шаба» (толстый, грубый) или «шабаш» (сильный, могучий), но она не объясняет суффикс -овта. Есть и гипотеза о связи с румынским или молдавским словом «șoabă» (плохой, негодный), но это уже натяжка.

Географически фамилия Шабовта встречается в основном в Украине, особенно в Винницкой и Хмельницкой областях, а также среди украинских диаспор. В России она крайне редка, единичные носители есть в южных регионах.

Сословно предки Шабовта, скорее всего, были крестьянами или казаками, поскольку фамилии на -овта не характерны для дворянства. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия простых людей, чья история осталась в местных архивах и метрических книгах.