Фамилия Шабсин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного восточнославянского суффикса -ов/-ев или -ин, который указывал бы на принадлежность отцу («чей сын?»). Окончание -ин здесь есть, но оно могло прирасти к основе нестандартным путём. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое в русской среде подверглось адаптации.

Наиболее вероятная версия связывает Шабсина с еврейским именем Шабсай (или Шабтай). Это имя восходит к ивритскому «шаббат» — суббота, день покоя. В ашкеназской традиции имя Шабсай было распространённым, а его уменьшительные формы (вроде Шабсе, Шабсик) давали начало фамилиям. Суффикс -ин в русском языке часто присоединяли к иноязычным основам, образуя притяжательные фамилии: Шабсин буквально значит «чей-то из рода Шабсы». Географически такие фамилии встречались в черте оседлости — на территории современных Беларуси, Украины, западных областей России.

Менее убедительная версия выводит фамилию из тюркских языков, где «шаб» может означать «ночь», а «син» — «ты». Но образование фамилии от местоимения — случай почти невозможный, поэтому эта гипотеза слабая.

Поскольку фамилия редкая, в дореволюционных переписях и справочниках она почти не фиксируется. Это говорит о том, что носители были немногочисленны и, вероятно, относились к мещанскому или купеческому сословию. В советское время фамилия могла быть утеряна или изменена из-за миграций и ассимиляции. Сегодня Шабсины встречаются единично, в основном в крупных городах России и Израиля.