Фамилия Шаехова звучит нехарактерно для центральной России — её выдают редкий корень и специфический суффикс. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев обычно образуются от полных или уменьшительных форм крестильных имён, прозвищ или профессий, но основа «Шаех» не вписывается в привычный славянский именник. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками.

Скорее всего, в основе лежит арабское имя Шаех (или Шаих), которое в тюркской среде трансформировалось в «Шайх» и означает «старейшина», «глава рода», «духовный наставник». Это слово хорошо известно в исламской традиции: шейхом называли уважаемого старца, учёного или руководителя общины. Прибавление русского патронимического суффикса -ов (в женском роде — -ова) указывает на то, что фамилия оформлялась уже на русской почве: предок носителя прозывался Шаех, а его потомки стали Шаеховыми. Такая модель типична для татарских, башкирских, кавказских фамилий, которые адаптировались к русской грамматике в XV–XIX веках.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским глаголом «шаю» (радоваться, веселиться) или с диалектным прозвищем «шаех» в значении «болтун», «говорун». Однако в таком случае фамилия была бы более распространена в русских говорах, чего мы не наблюдаем. Географически Шаеховы чаще встречаются в Татарстане, Башкортостане и среди народов Северного Кавказа, что подтверждает «шейховую» гипотезу.

Фамилия сохранила архаичное написание с буквой «е» после «ш», что характерно для старой орфографии, когда звук [э] передавался именно так. В современных вариантах иногда встречается написание «Шаихова», но оно менее употребительно. Социально предки Шаеховых, скорее всего, были людьми духовного звания или уважаемыми старейшинами в своей общине — не обязательно богатыми, но влиятельными. В крестьянской среде такие прозвища давали редко, поэтому фамилия могла принадлежать служилому или торговому сословию.