Фамилия Шафагатов — редкий пример, когда русская по форме фамилия образована от слова с прозрачной, но нерусской этимологией. В основе лежит тюркское или арабское имя Шафагат, которое восходит к арабскому «шафака» — милосердие, сострадание, забота. В мусульманской традиции это одно из имён, связанных с добродетелью.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе Шафагат добавили суффикс -ов. В русском языке суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Шафагатов, то есть сын, потомок человека по имени Шафагат. Модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир, а также народов Кавказа и Средней Азии, которые входили в состав Российской империи и принимали православие. При крещении имя Шафагат нередко становилось основой для фамилии, чтобы сохранить родовую память.

Географически фамилия Шафагатов встречается в Татарстане, Башкортостане, в Оренбургской и Челябинской областях, а также среди татарской диаспоры в других регионах России. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от одного предка или небольшой родовой группы.

Стоит отметить, что в русском языке ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Шафагатóв. В тюркских языках ударение может смещаться на второй слог — Шафагáтов, но в русской паспортной традиции чаще закрепляется вариант на окончание.

Таким образом, фамилия Шафагатов — не прозвище и не ремесло, а прямое указание на имя предка, которое носило ярко выраженный нравственный смысл. Предки носителя этой фамилии были людьми, чтившими семейное имя, и, скорее всего, происходили из тюркоязычной мусульманской среды, принявшей православие.