Фамилия Шафаггатов — редкий случай, когда корень слова не тюркский и не славянский, а арабско-персидский, но оформлен по русской словообразовательной модели. Основа «шафаггат» восходит к арабскому «шафакат» (شفقة), что означает «сострадание», «милосердие», «жалость». В персидском и тюркских языках, заимствовавших это слово, оно чаще звучит как «шафагат» или «шефкат» и имеет тот же смысл — мягкосердечие, снисходительность. Таким образом, исходное прозвище Шафаггат давали человеку, отличавшемуся добротой и отзывчивостью, либо, что тоже возможно, как имя-пожелание, чтобы ребёнок вырос сострадательным.

Суффикс «-ов» в фамилии указывает на русский способ образования: от имени или прозвища Шафаггат сделали притяжательное прилагательное («чей?» — Шафаггатов), то есть «сын (или потомок) Шафаггата». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде, где русская административная культура смешивалась с местными традициями именования — чаще всего в Поволжье, на Урале или в Западной Сибири, среди татар, башкир или других народов, исповедующих ислам, но живших в составе Российской империи.

В отличие от фамилий на «-ин» (тоже русских, но образованных от основ на -а/-я), вариант с «-ов» здесь закономерен: основа Шафаггат заканчивается на твёрдый согласный. Если бы исходное имя было Шафагга, появилась бы фамилия Шафаггин. Встречаются и параллельные формы: Шафагатов (без удвоенной «г») — более фонетически упрощённая, и Шафегатов (с заменой гласной), что связано с диалектным произношением. Сравните с однокоренными фамилиями Шафиков (от арабского «шафи» — целитель) или Шафкатов (от того же корня, но с другим огласованием).

Географически фамилия Шафаггатов встречается крайне редко. Основные очаги — Татарстан и Башкортостан, единичные носители есть в Челябинской и Оренбургской областях. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не фиксируется, что может говорить о её позднем оформлении — возможно, в начале XX века, когда массово закреплялись фамилии у крестьян и мещан.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходят из среды мусульманских народов России, где арабские заимствования через исламскую культуру были обычны. Прозвище Шафаггат могло быть не столько личным именем, сколько прозванием, данным муллой или односельчанами за характер. Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, вероятно, были крестьянами или ремесленниками, а сама она сохранилась благодаря тому, что в советское время её не заменили на более «русскую» форму.