Фамилия Шафалинов — редкий случай, когда основа ясна, а суффикс говорит о многом. Если убрать окончание, остаётся корень «шафал-» и суффикс «-ин-». Именно суффикс выдаёт способ образования: перед нами типичная «малая» русская фамилия, которую давали не по отцу, а по матери или по прозвищу женщины.

В основе лежит прозвище Шафала. Скорее всего, оно восходит к тюркскому слову «шафал» — так в ряде тюркских языков называли персик или абрикос. Прозвище могли дать человеку с румяным лицом, похожим на персик, или любителю этих фруктов. Менее вероятна, но возможна связь с арабским словом «шафа» — исцеление, здоровье. В таком случае Шафалой могли прозвать знахаря или человека, который помогал при болезнях.

Фамильный суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Шафалинов, то есть сын Шафалы. Но в отличие от фамилий на «-ов» (Иванов — сын Ивана), «-ин» в русской традиции часто закреплялся за прозвищами, оканчивающимися на -а/-я. Форма «Шафалинов» (с ударением, предположительно, на втором слоге) показывает, что прозвище матери или жены было Шафала, а мужчина получил фамилию от неё. Это могло случиться, если женщина была более известна в округе, чем муж, или если она была вдовой.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где традиционно сильны тюркские заимствования. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — от одного прозвища в конкретной деревне или семье. Сословного барьера у неё не было: Шафалиновыми могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки — фамилия не несёт дворянских или духовных маркеров.

В написании фамилия устойчива: единственный вариант — с буквой «а» в первом слоге и суффиксом «-ин-». Встречающееся иногда «Шафалинов» с двойным «н» — ошибка, вызванная путаницей с фамилиями на «-инов» (типа Шафалиннов), но исторически правильна именно одинарная буква.