Фамилия Шафлиди образовалась от прозвища Шафли. Вероятно, в его основу легло тюркское слово safli, которое в переводе на русский язык означает чистоту в прямом и переносном смысле, а также целомудренность и порядочность. Скорее всего, это слово было заимствовано к период длительного турецкого господства на Балканах. Поэтому можно предположить, что прозвище Шафли получил аккуратный, чистоплотный, а также высокоморальный и нравственный человек. Согласно другой, менее правдоподобной версии, происхождение фамилии Шафлиди связано со словом «шафл». Это понятие, имеющее английские корни (shuffle — «развинченная походка»), употребляется в области музыки и обозначает особый вид ритма, манеры исполнения. Шафлом также принято называть американский танец, который исполняется в быстром темпе, при этом ноги танцора не должны отрываться от земли. В таком случае прозвище Шафли мог получить либо музыкант, либо танцор. Также маловероятной представляется гипотеза о грузинских корнях фамилии Шафлиди. Согласно этому варианту этимологии, фамилия восходит к грузинскому мужского имени Шавла. Оно образовалось из еврейского слова «шалом» со значением «мир».