Фамилия Шафлинская — редкий пример, в котором польская топонимическая модель натолкнулась на восточнославянскую почву. Судя по окончанию, это типичная «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта с помощью суффикса -ск- и родового окончания -ая. В польской традиции такие фамилии (на -ski/-ska) указывали на дворянское происхождение и владение землёй, но в Российской империи их массово получали выходцы из духовенства и мещане, особенно после реформ, когда семинаристам давали «благородные» фамилии.

Основа фамилии — Шафлин. Скорее всего, это топоним, который восходит к названию деревни или местечка Шафлины (или Шафляны). Такие названия встречаются на территории современных Польши, Беларуси и Украины. Корень, вероятно, связан с польским словом «szafle» — «ковши» или «черпаки», либо с немецким «Schaffel» — «мера сыпучих тел». В любом случае, это прозвище человека, связанного с мерой, торговлей зерном или изготовлением деревянной посуды. Менее вероятна, но возможна связь с еврейской фамилией Шафлин (от идиш «шафн» — «творить, создавать»), но в этом случае окончание -ская было бы искусственным.

В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые массово давали крестьянам, Шафлинская — фамилия шляхетского или семинарского типа. Если предки были дворянами, они могли владеть имением Шафлины в бывшем Речи Посполитой. Если же фамилия «кабинетная», её могли дать в духовной семинарии по названию прихода или по фамилии местного помещика. В любом случае, носительница фамилии может с высокой вероятностью проследить корни в западных губерниях Российской империи — на территории современной Беларуси, Польши или Западной Украины.