Фамилия Шагаиинурова — редкая, и её след ведёт в тюрко-башкирскую и татарскую среду, в зону, где исламские имена смешивались с местными диалектами. В основе лежит мужское имя Шагаинур, которое в свою очередь сложено из двух арабских корней: «шах» (شاه) — «царь, господин, шах» (в переносном смысле «лучший, главный») и «нур» (نور) — «свет, сияние». Получается «светлый господин» или «царь света» — типичное для мусульманского именослова комплиментарное имя-пожелание.

Словообразовательная модель здесь — патронимическая, но с нетипичным для большинства русских фамилий суффиксом. Если бы фамилия была чисто русской, мы бы увидели «Шагаинуров» (с суффиксом -ов). Суффикс -а в женском варианте «Шагаинурова» — это стандартное русское окончание для женщин. Однако ударение в исходном имени, скорее всего, падает на последний слог — ШагаинУр, что характерно для тюркского произношения арабских заимствований.

Вероятнее всего, фамилия закрепилась в среде башкир или татар, где имя Шагаинур (иногда записываемое как Шахиннур, Шагинур) встречается, хотя и не является массовым. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Оренбургской, Уфимской или Казанской губерний можно было бы найти запись: «деревни такой-то башкир Шагаинур такой-то». Фамилию дали его детям уже при советской паспортизации, когда унифицировали окончания по русскому образцу.

Носители фамилии Шагаинурова — это потомки человека, которого в своё время назвали «сияющим господином». Никакой иной, неарабской, версии происхождения у этой фамилии нет: попытки связать её с каким-то русским корнем или прозвищем были бы натяжкой. Это чисто тюрко-мусульманская фамилия, зафиксированная русским письмом.