Фамилия Шаханбаева образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев, который присоединяется к основе мужской фамилии Шаханбай. В русской традиции фамилии с таким окончанием обычно указывают на принадлежность к отцу: Шаханбаева — дочь или жена Шаханбая. Сама мужская форма Шаханбай — это составное тюркское имя, типичное для казахской, башкирской, татарской и других тюркоязычных сред.

Разберем основу. Имя Шаханбай состоит из двух частей. Первая — «шах» (от персидского šāh — «царь, владыка, господин»), вторая — «бай» (тюркское «богатый, хозяин, господин»). Таким образом, имя Шаханбай можно перевести как «царственный богач» или «владыка-господин». В дореволюционной кочевой среде такие составные имена с компонентом «бай» давали с пожеланием богатства, благополучия и уважения в роду. Форма Шахан-бай — это нередкий случай тавтологии, когда обе части слова несут схожий смысл «господин»: усилительное имя, подчеркивающее высокий статус.

Фамилия Шаханбаева почти наверняка имеет казахское происхождение. В казахском ономастиконе имена с корнем «шах» и «бай» встречаются часто, а суффикс -ев (вместо казахского -ұлы/-қызы) появился уже в русской канцелярской записи при переписях и паспортизации в XIX–XX веках. Географически фамилия наиболее характерна для южных и западных регионов Казахстана, а также для приграничных областей России, где компактно живут казахи (Астраханская, Оренбургская, Омская области). Встречается она и в Башкортостане, где имя Шаханбай фиксируется среди башкир.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, где суффикс -ов/-ев присоединяется к полному имени отца, здесь основа Шаханбай осталась без усечения. Это говорит о том, что имя было хорошо известно и не воспринималось как что-то чужое — его не адаптировали и не сокращали. Фамилия Шаханбаева не дворянская и не княжеская: это патроним, который носили потомки обычного скотовода или воина, получившего имя с пожеланием силы и достатка.