Фамилия Шаханин образована от прозвища Шаханя. По одной из версий, оно восходит к арабскому прилагательному «шахане» - «шикарный, превосходный». Исходя из этого, можно предположить, что Шаханей прозвали элегантного, изысканного в поведении, манерах или стиле одежды человека. Согласно другой гипотезе, это прозвище ведет свое начало от тюркского «шах» - «монарх, царь, властитель». В таком случае прозвище Шаханя, скорее всего, отражало социальное положение основателя фамилии (наделенный властью, авторитетный, влиятельный, занимающий высокий государственный пост и т.п.). Таким образом, потомок человека, которого звали Шаханя, со временем получил фамилию Шаханин.