Фамилия Шахерова — женская форма, а её мужской вариант Шахеров. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шахер. Самая вероятная версия происхождения связана с тюркскими языками. В них корень «шах» восходит к персидскому «царь, государь, властитель», а формант «-ер» мог быть диалектным или профессиональным суффиксальным элементом. Слово «шахер» в ряде тюркских говоров могло означать «царёк», «князёк» или «человек, имеющий отношение к власти» — например, управляющий, сборщик податей, мелкий чиновник.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с еврейским именем Шахер (идиш «рассвет»), которое давали мальчикам, родившимся на заре. Однако фамилия Шахерова встречается в основном в русской среде, особенно на юге России и в Поволжье, где веками шло смешение с тюркским населением. Поэтому тюркская этимология выглядит убедительнее.

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую модель образования фамилий: Шахер → Шахеров — «сын Шахера», «принадлежащий Шахеру». В XVIII–XIX веках такие фамилии закреплялись за крестьянами и мещанами, часто после ревизских сказок, когда прозвище отца становилось наследственным.

Фамилия редкая, не входит в списки ста дворянских родов и не связана с известными историческими личностями. Её носители — скорее всего, потомки простых людей, получивших прозвище от должности или особенности поведения. В современной России Шахеровы живут в Волгоградской, Астраханской областях и в Татарстане, что подтверждает привязку к регионам с тюркским влиянием.