Фамилия Шахер — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или профессий, Шахер, скорее всего, имеет иноязычное происхождение. На это указывает и отсутствие типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), и само звучание основы.

Самая вероятная версия — немецкая или еврейская (ашкеназская) основа. В немецком языке «Schacher» означает «мелкая торговля», «торгашество», а «Schacherer» — «торгаш», «мелкий торговец». Это слово было широко распространено в среде еврейских торговцев на территории Австрийской империи и Германии. Фамилия могла закрепиться за человеком, который занимался перепродажей товаров, скупкой или ростовщичеством. В русском языке это слово тоже прижилось, но с негативным оттенком: «шахер-махер» означает нечистую сделку.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, немецкого города Шахер (Schacher) или местечка с похожим названием в Восточной Европе. В этом случае предок получил фамилию по месту, откуда он родом.

На территории Российской империи фамилия Шахер встречалась преимущественно среди еврейского населения западных губерний (Волынской, Подольской, Киевской) и в Царстве Польском. После революции носители фамилии расселились шире, но концентрация остаётся невысокой. Встречаются и единичные случаи русификации, когда фамилию могли записать как «Шахеров» или «Шахерский», но исходная форма Шахер сохранила своё звучание без изменений.

Словообразовательная модель проста: фамилия представляет собой чистую основу без патронимического суффикса. Это характерно для фамилий, заимствованных из других языков и не адаптированных под русскую морфологию. В отличие от фамилий на -ов или -ин, Шахер не указывает на принадлежность отцу, а напрямую описывает занятие или прозвище самого первого носителя.