Фамилия Шакер — одна из тех, что ставят исследователя перед выбором: это тюркское прозвище или арабское имя, пришедшее через исламскую традицию. Оба пути возможны, и оба ведут к разным портретам предка.

Самый прямой и частый вариант — арабское имя Ша́кер (شاكر), которое означает «благодарный», «признательный». В исламской культуре это одно из имён, восхваляющих благочестие: верующий, который благодарит Всевышнего. Через тюркские народы Поволжья и Кавказа (татары, башкиры, азербайджанцы) имя попало в русскую среду. Фамилия Шакер могла закрепиться у татарских мурз или крещёных татар, а также у горских евреев — у них это имя тоже встречается. В таком случае фамилия не имеет русского суффикса и осталась в форме чистого имени, что типично для поздних документальных записей, когда фамилию просто записывали как есть.

Вторая версия — тюркское прозвище от слова «ша́кер» или «ше́кер» (şəkər) — «сахар», «сладкий». В тюркских языках (азербайджанском, турецком, крымскотатарском) это слово давали как ласковое прозвище человеку с мягким, приятным нравом, «сладкому» в общении. Иногда так называли кондитеров или торговцев сладостями. Сравните с фамилиями Шекер, Шекербеков, Шакеров — все они из того же гнезда.

У фамилии Шакер нет окончания -ов или -ин, поэтому её географическая привязка нестандартна. Чаще всего она встречается у народов Северного Кавказа (особенно у адыгов и дагестанцев), у крымских татар и в Закавказье. В русской среде фамилия редкая и, скорее всего, пришла через межэтнические браки или миграцию.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована от личного имени или прозвища без добавления форманта. Это так называемые «неоформленные» фамилии, которые в XIX веке фиксировались в метриках у инородцев и иногородних так, как их произносили. Если бы фамилия обрусела, она выглядела бы как Шакеров или Шакерин.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии Шакер был человеком, которого либо нарекли благодарным именем при рождении, либо прозвали за добрый нрав «сладким». Обе версии лестные — что по духу, что по характеру.