Фамилия Шахнубарян — армянская по происхождению, и её разумно начинать разбирать с конечного элемента -ян. В армянской ономастике суффикс -ян (в диалектах -янц, -енц) выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывает на принадлежность к роду. Шахнубарян буквально означает «из рода Шахнубара» или «потомок Шахнубара».

Основа фамилии — личное имя Шахнубар. Оно составное, и здесь открывается самое интересное. Первая часть — «шах» (персидское «царь, правитель»), вторая — «нубар» (от арабского «нубба» — «очередь, смена», или от персидского «навбар» — «новый плод, первенец»). В армянском языке имя Шахнубар чаще всего толкуют как «царский первенец» или «первый в роду». Это имя давали мальчикам, которых считали наследниками, продолжателями дела, или как пожелание высокого положения.

Словообразовательная модель типична для армянских фамилий, сложившихся в основном в XIX веке. До этого армяне пользовались родовыми прозваниями, которые не были закреплены наследственно. Массовое закрепление фамилий произошло в Российской империи после реформ, когда армянскому населению, как и другим народам Закавказья, потребовались официальные фамилии для документов. Тогда-то имена отцов (Шахнубар) с помощью суффикса -ян превратились в фамилии детей.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Шахнубарян — патронимическая фамилия, то есть напрямую связанная с личным именем предка. Носитель этой фамилии с большой вероятностью происходит от человека по имени Шахнубар, который жил, скорее всего, в Восточной Армении (исторические области Сюник, Арцах, а также районы вокруг Еревана), где составные имена с персидскими элементами были особенно распространены из-за многовекового культурного влияния.

Спорных версий у этой фамилии нет: корень прозрачен, суффикс стандартен. Единственное, что может ввести в заблуждение, — попытка искать в ней тюркские или арабские корни напрямую, минуя армянскую словообразовательную модель. Но -ян однозначно указывает на армянскую фамилию, а имя Шахнубар — на персидско-арабский пласт лексики, который в Армении был обычным для имён знатного или желательного смысла.