Фамилия Шахоевы — редкий случай, когда её носители могут с равной вероятностью оказаться потомками как кавказских горцев, так и выходцев из Поволжья. Всё упирается в основу «Шахой»: она могла возникнуть из осетинского или чеченского имени (например, Шахой — вариант имени Шах, восходящего к персидскому «шах» — царь, владыка), либо из дохристианского мордовского имени Шахой. Второй вариант не менее реален: у мокши и эрзи бытовало прозвище Шахой, связанное с глаголом «шахамс» — «шагать, идти», то есть прозвище ходока или скорохода.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель патронимической фамилии. Если основа — Шахой, то «Шахоев» буквально значит «сын Шахоя». Ударение в фамилии плавающее: в осетинской среде чаще падает на последний слог (Шахое́вы), а в русскоязычной — на второй (Шахо́евы). Географически фамилия встречается в Северной Осетии, Ингушетии и Чечне, а также в Мордовии и Пензенской области — это два совершенно разных ареала, которые не стоит смешивать.

Сложность в том, что у кавказских народов фамилии на «-ев» часто передавались через русскую канцелярию при записи в метрики, поэтому осетинская фамилия Шахоевы могла изначально звучать как Шахойтæ (с осетинским родовым суффиксом). В Поволжье же фамилия могла оформиться естественным путём через русскую патронимическую модель. Единой «правильной» версии происхождения нет — нужно смотреть на регион конкретной семьи.

С точки зрения словообразования, фамилия нестандартна: основа на «-ой» (Шахой) в русском языке даёт притяжательную форму через «-ев», а не через «-ов», что типично для фамилий от имён на мягкий согласный. Поэтому Шахоев — не искажение, а точная запись. Встречается также вариант Шахаев, но он восходит к другой основе — Шахай (от тюркского «шах» с уменьшительным суффиксом). Шахоевы к нему отношения не имеют.