Фамилия Шахоева образована от мужского имени Шахой — тюркской или кавказской уменьшительной формы от имени Шах. Основа «шах» в этом случае восходит к персидскому слову «шах» — «царь, правитель, владыка». В именах тюркских и кавказских народов этот корень часто использовался как пожелание величия, силы или как часть составных имен (например, Шахбаз, Шахмардан). Уменьшительный суффикс -ой характерен для некоторых тюркских языков (ср. башкирские и татарские имена Акмал — Акмалой, Хасан — Хасаной), он придаёт имени ласкательный или обиходный оттенок.

Фамилия Шахоева — женская форма, её носительницы, скорее всего, происходят из регионов, где распространены тюркские языки: из Дагестана (особенно среди кумыков, лезгин, азербайджанцев), Чечни, Ингушетии, а также из Татарстана и Башкортостана. В этих культурах фамилии на -ов/-ев часто образовывались от имени отца или деда, поэтому предок носительницы фамилии мог носить имя Шахой.

Словообразовательная модель Шахоева включает суффикс -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на -й (Шахой → Шахоев). Это стандартный для русского языка способ русификации тюркских и кавказских фамилий. Встречается и вариант Шахаев — от имени Шахай, родственного по корню, но с другим аффиксом.

В ономастических трудах, например в работах А. Суперанской, отмечается, что фамилии с корнем «шах» в тюркской среде не обязательно указывают на реальное родство с правителями: чаще это наследие мусульманской традиции наречения, где «шах» — один из эпитетов, входящих в имена (например, Шах-Али). Таким образом, Шахоева может означать «потомок того, кого назвали Шахом» — с оттенком уважения, а не указанием на социальный статус предка. Споров вокруг этимологии фамилии практически нет: корень прозрачен, а суффикс типичен для региона.