Фамилия Шахпандаров — редкая и композитная, её основа составлена из двух частей. Первая часть, «шах», хорошо знакома по восточным именам и титулам: от персидского «шах» — царь, правитель, государь. Вторая часть, «пандар», гораздо загадочнее. Вероятнее всего, это искажённое или диалектное «бандар» (от персидского «бандар» — порт, гавань, торговая пристань) или «пандир» (сыр у тюркских народов). Если принять версию с «бандар», то «шахбандар» — это историческая должность: так в средневековых портах Ирана и Средней Азии называли главного таможенного чиновника, начальника порта или старшину купеческой гильдии. В русских документах XVII–XVIII веков встречаются записи «шахбандар» как обозначение человека, ведавшего торговлей с восточными купцами. Таким образом, Шахпандаров — это русифицированная форма тюркского или персидского прозвища «Шахбандар», к которой добавили русский патронимический суффикс -ов. Буквально: «сын шахбандара» или «потомок того, кого звали Шахбандар».

Модель образования фамилии — суффикс -ов, самый распространённый в русской ономастике. Но основа не славянская, а восточная, что указывает на давние контакты предков носителя с тюрко-персидским миром. Скорее всего, фамилия сложилась в среде служилых людей, купцов или толмачей, которые имели дело с южными и восточными соседями. Географически такие фамилии чаще всего встречались в Поволжье, Приуралье и на юге России — в местах активной торговли с Хивой, Бухарой и Персией.

Второй вариант этимологии, менее вероятный, но возможный: «пандар» может восходить к тюркскому «пандыр» — вид лепёшки или сыра. Тогда «шахпандар» — шутливое прозвище «царь-сыр» или «царь-лепёшка», которое мог получить пекарь или сыровар. Однако должностная версия с «шахбандаром» выглядит исторически обоснованнее: прозвища по должности и роду занятий — один из главных источников русских фамилий, а восточные титулы в основе фамилий (как Мурзаев, Ханкин, Султанов) — явление распространённое.

Ударение в фамилии, судя по типовой модели, падает на последний слог: Шахпанда́ров. Встречаются варианты написания с одной «н» — Шахпадаров, но это, скорее, опечатка или результат упрощения при записи в советских паспортных столах. Фамилия не имеет отношения к армянской фамилии Шахпаронян или к грузинской Шахпаров — это самостоятельная, пусть и редкая, русская фамилия восточного корня.