Фамилия Шахшаева ведет свое начало от иранского слова «шах», которое в переводе на русский язык означает «хан, повелитель; владелец, хозяин». В персидском языке оно со временем утратило прямое значение и стало прибавляться к именам нарицательным, обозначая их превосходство, отличие от других. Слово «шах» стало использоваться в составе личных имен, придавая им значение «самый лучший», «самый первый», «самый главный». Во многих именах слово «шах» приобрело форму «шай», которая в большей степени соответствует татарской фонетике. Таким образом, фамилия Шахшаева образована от дважды повторяющегося слова «шах», что можно истолковать как «вдвойне лучший». Менее вероятно, что вторая часть фамилии Шахшаева восходит к мусульманскому мужскому имени Шайа, которое в переводе с арабского языка означает «достойный». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Шахшаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.