Фамилия Шахшина — женская форма, мужской вариант — Шахшин. Её основа восходит к прозвищу или имени Шахша. В русской ономастике это довольно редкий случай: фамилия образована не от распространённого тюркского «шах» (властитель, царь) и не от еврейского «шах» (свидетель), а от более локального и конкретного слова.

Самая вероятная версия связывает Шахшина с тюркским корнем «шахша» — так в некоторых диалектах называли человека с взъерошенными, торчащими в разные стороны волосами, похожими на шерсть. Прозвище Шахша могли дать за лохматую, неопрятную причёску или за строптивый, «ершистый» нрав. В этом же ряду стоят фамилии Шахов, Шахматов — но Шахшина стоит особняком благодаря суффиксу -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Шахшин, то есть сын или потомок Шахши.

Менее убедительная гипотеза выводит Шахшина от арабского имени Шахшах (шах + шах, «царь царей») — но эта форма в русской среде почти не встречается, а фамилия явно бытовая, крестьянская, а не аристократическая. География фамилии говорит сама за себя: Шахшины компактно живут в Поволжье, особенно в Татарстане и соседних областях. Это регион, где веками смешивались тюркские и славянские языковые традиции, и прозвище Шахша могло дать начало целому гнезду фамилий.

Суффикс -ин в фамилии Шахшина — один из самых распространённых в русской фамильной модели, он характерен для прозвищ и имён, заканчивающихся на -а/-я. То есть предок носителя фамилии был просто Шахша — и это прозвище закрепилось за его родом. Никакой тайны высокого происхождения здесь нет: предки Шахшиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище отражало внешность или характер.