Фамилия Шахлина — женская форма, образованная от мужской Шахлин. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего указывают на принадлежность: «чей?» — «Шахлин», то есть сын или потомок Шахли. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Шахля.

Корень Шахл- сразу отсылает к тюркским языкам, где слово «шах» означает «царь», «господин», «владыка» (из персидского через тюркское посредство). Суффикс -ля в русских прозвищах часто придаёт уменьшительный или пренебрежительный оттенок, но в тюркских заимствованиях он мог просто адаптировать слово к славянскому звучанию. Таким образом, Шахля — это «маленький шах», «князёк» или, скорее, прозвище человека, который держался важно, по-царски, либо был сыном или слугой человека с титулом «шах».

Интересно, что фамилия Шахлин (и Шахлина) встречается в основном в регионах с давним тюркским субстратом — в Поволжье, на Урале, в Сибири. Это не случайно: в татарской, башкирской, чувашской среде имя Шахли (или Шахлей) бытовало как личное имя. У русских же оно могло закрепиться как прозвище для выходца из этих народов или для человека, торговавшего с восточными купцами.

Другая версия, менее вероятная, связывает фамилию с еврейским корнем: в идише «шах» — это «мех», «шкура», а суффикс -лин указывал бы на профессию скорняка или торговца мехами. Но против этой версии говорит то, что фамилия Шахлина почти не фиксируется в классических списках еврейских фамилий Российской империи, а её географическое распространение совпадает с ареалом тюркских народов.

О сословной принадлежности носителей фамилии сказать что-то определённое трудно: Шахлины могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами. В XIX веке фамилия встречается в документах Казанской, Вятской и Пермской губерний — как у русских, так и у крещёных татар. Это типичная «географическая» фамилия, которая не даёт однозначного ответа о происхождении предка, но уверенно указывает на его связь с тюркским миром.