Фамилия Шахалина — женская форма, а её мужской вариант — Шахалин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шахала, которое, скорее всего, образовано от тюркского слова «шах» (царь, владыка) с уменьшительным суффиксом «-ала». В татарском, башкирском и других тюркских языках «шах» могло быть частью составных имён (например, Шахбала — «дитя шаха»), а «Шахала» — народная, сокращённая форма. Фамилия встречается в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, что подтверждает её восточное происхождение.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Шахалы. Это классическая русская модель образования фамилий от имён, оканчивающихся на -а, -я. В данном случае тюркское имя оформилось по русской грамматике, что типично для Поволжья и Приуралья, где с XVI–XVII веков активно смешивались славянские и тюркские роды.

Есть и менее вероятная версия: связь с диалектным словом «шахала» — так в некоторых говорах называли человека с резким, крикливым голосом или того, кто «шахает» (шумит, бранится). Однако тюркский корень выглядит убедительнее: фамилия Шахалин встречается в документах переселенцев из Казанской губернии, где тюркские имена были обычным делом.

Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, но она сохранилась в основном в среде крестьянства и казачества Урала. В архивных записях XIX века Шахалины нередко числились государственными крестьянами или казаками Оренбургского войска — это люди, чьи предки приняли православие, но сохранили родовые тюркские прозвища.