Фамилия Шакипова — женская форма фамилии Шакипов, которая имеет тюркское происхождение и напрямую связана с мусульманским именем Шакип. В основе лежит арабское имя Шакиб (или Шакип в тюркской огласовке), которое переводится как «благодарный», «признательный» или «тот, кто благодарит». Имя восходит к одному из эпитетов, прославляющих Аллаха, и входит в число распространённых в исламской традиции имён, образованных от корня «ш-к-р» (благодарность).

Модель образования фамилии типична для Поволжья, Приуралья и Средней Азии: к личному имени Шакип добавлялся русский патронимический суффикс -ов, а затем — окончание -а для женского рода. Такая схема закрепилась у татар, башкир и других тюркоязычных народов после вхождения их территорий в состав Российской империи, когда фиксация фамилий стала обязательной. Интересно, что у самих татар и башкир имя Шакип встречается реже, чем, например, Шакир (благодарный), но в фамилиях оно сохранилось именно в этой форме.

Географически фамилия Шакипова наиболее частотна в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах с компактным проживанием татар и башкир. Встречается она и у казахов, но там чаще пишется как Шакипова без изменений, поскольку казахский язык не требует адаптации окончаний. По сословной принадлежности предки носителей фамилии в основном относились к государственным крестьянам или мещанам — в дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется, что говорит о её «народном» происхождении.

Стоит отличать Шакипову от внешне похожей фамилии Шакирова: у той основа — имя Шакир («благодарный»), а у Шакиповой — Шакип. Разница в одну букву меняет значение: «благодарный» против «благодарящий». В бытовом произношении эти фамилии иногда путают, но этимологически они самостоятельны.