Фамилия Шакимова — женская форма фамилии Шакимов. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому или арабо-тюркскому имени Шаким. В тюркских языках это имя может быть вариантом имени Хаким (от арабского «мудрый», «правитель», «врач»), где начальный звук «х» в некоторых диалектах перешёл в «ш». Соответственно, Шаким — это «мудрец» или «судья». Мужская фамилия Шакимов образована по стандартной модели притяжательного суффикса -ов, который добавляется к основе имени: «сын Шакима». Таким образом, Шакимова — это «дочь или жена Шакима».

Менее вероятна, но возможна связь с казахским словом «шақым» — «донос», «клевета». В этом случае фамилия могла бы возникнуть как прозвище ябедника или доносчика. Однако в антропонимике прозвища с отрицательным значением редко становились фамилиями напрямую, чаще они давались в шутку или как вторая, охранительная кличка. Версия с именем выглядит убедительнее: в основе лежит личное имя, а фамилия просто указывала на принадлежность к роду.

Географически фамилия Шакимова встречается преимущественно в Казахстане, Кыргызстане, а также среди башкир и татар. В России она редка и локализована в регионах с тюркским населением — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области. Ареал бытования подтверждает её восточное происхождение.

Интересная деталь: если имя Шаким — это фонетический вариант Хакима, то фамилия Шакимов оказывается в одном ряду с более распространёнными Хакимов, Хакимжанов и другими однокоренными фамилиями, указывающими на родство с человеком, которого уважали за мудрость или власть. В этом смысле Шакимова — не просто фамилия, а отсылка к социальному статусу предка.