Фамилия Шакир — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось, перейдя в фамилию напрямую, без суффиксов, типичных для русской модели (вроде -ов или -ин). В основе лежит арабское имя Шакир, которое означает «благодарный» или «признательный». В исламской традиции это одно из производных от корня «ш-к-р» (благодарить), и имя встречается у многих народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, народов Кавказа, а также в арабоязычных странах.

Поскольку фамилия не получила русского патронимического суффикса, она указывает на относительно позднее оформление — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда фиксация фамилий у тюркских и кавказских народов часто происходила без переделки личного имени в притяжательную форму. Носитель фамилии Шакир, вероятно, потомок человека, которого звали Шакир, и это имя стало родовым прозванием.

В русском контексте фамилия закрепилась в основном в Татарстане, Башкортостане, а также в среде кавказских народов (например, у адыгов, чеченцев, ингушей). Из-за отсутствия суффикса фамилия не склоняется по падежам в мужском роде, если только носитель не русифицировал её, добавив окончание (такие варианты, как Шакиров, встречаются гораздо чаще, но это уже другая фамилия).

Споров вокруг происхождения практически нет: арабское имя — единственная убедительная версия. Слабая гипотеза о связи с тюркским словом «шакир» в значении «ученик» (от арабского же корня, но через медресе) не противоречит основной, а лишь уточняет возможный социальный контекст: предок мог быть либо просто носителем имени, либо, реже, учителем или учеником в религиозной школе. Но имя как основа — первично и надёжнее.