Фамилия Шакира — редкий для России случай, когда фамилия совпадает с исходным личным именем, а не образована от него с помощью суффикса. В русской ономастике это называется «фамилия-имя» или «нетронутая» форма, и встречается она в основном у фамилий иноязычного происхождения, которые не успели адаптироваться под местные модели на -ов, -ин или -ский.

Основа фамилии — арабское мужское имя Шакир (شاكر), которое означает «благодарный», «признательный» (от глагола «шакара» — благодарить). Женская форма этого имени — Шакира — в арабском мире тоже существует, но как фамилия она закрепилась, скорее всего, по отцовской линии: сын Шакира получил прозвание «Шакира», и оно перешло в фамилию без изменений. То есть предок носителя фамилии, вероятно, был назван в честь деда или отца по имени Шакир, а сама фамилия зафиксировала родительный падеж: «чей?» — «Шакира».

Встречается фамилия преимущественно у народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, народов Кавказа, а также у выходцев из Средней Азии. В русском контексте она не склоняется по падежам как типичная русская фамилия, что тоже выдает её иноязычное происхождение. В отличие от фамилий вроде Шакиров (где добавлен патронимический суффикс -ов), форма Шакира — более архаичная и прямая, без дополнительной русификации.

С точки зрения социальной истории, фамилия Шакира могла принадлежать мулле, учителю или просто человеку, известному своим благодарным нравом, — имя Шакир в мусульманской традиции ценится как одно из эпитетов, близких к божественным качествам (Аллах — Шакир, «Благодарный»). Однако не стоит приписывать фамилии мистический смысл: в быту имя давали и без особого богословского подтекста, просто как благочестивое и красивое.

Любопытно, что в современном мире фамилия получила дополнительную известность благодаря колумбийской певице Шакире, но её фамилия — испанская адаптация арабского имени, и к русским носителям фамилии Шакира она прямого отношения не имеет. В России эта фамилия остаётся малочисленной, но чётко указывает на восточные корни рода.