Фамилия Шакишев — типичный пример русской фамилии, образованной от тюркского имени. Её основа — мужское имя Шакиш, которое представляет собой одну из форм арабского имени Шакир (встречается также вариант Шакиржан). В переводе с арабского Шакир означает «благодарный», «тот, кто благодарит (Аллаха)». Имя было популярно у многих тюркских народов, исповедующих ислам, — у татар, башкир, казахов, народов Кавказа.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Шакиш- добавился русский патронимический суффикс -ев. Такие фамилии на -ев (как и на -ов) фиксировали принадлежность к отцу: Шакишев буквально означал «сын Шакиша». Если бы фамилия образовалась от имени, оканчивающегося на твёрдый согласный, мы бы увидели суффикс -ов. Но поскольку конечный звук основы в имени Шакиш — мягкий шипящий (ш), по правилам русской орфографии здесь закрепился суффикс -ев. Это типичный случай для фамилий, возникших в русско-тюркской среде: ср. Абдушев, Кадышев, Ишмурашев.

Географически фамилия Шакишев чаще всего встречается в Поволжье и Приуралье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона, где веками жили татары и башкиры, а после принятия православия или перехода в крестьянское сословие их имена и прозвища превращались в фамилии. Скорее всего, предки носителей фамилии были либо служилыми татарами (дворянами и мурзами), либо государственными крестьянами. Фамилия не относится к числу очень редких, но и массовой не стала — её можно считать локальной, характерной для определённых родов.

Стоит упомянуть, что в некоторых тюркских языках существует слово «шакиш» в значении «молоток» или «киянка». Однако связывать фамилию с этим словом — ошибка. В русской ономастике за фамилией Шакишев прочно закреплено именно имя Шакиш, а не название инструмента. Если бы основой было прозвище от ремесла, мы бы с большей вероятностью увидели фамилию Шакишов (с ударением на второй слог), но реальное бытование формы с -ев указывает на имя.