Фамилия Шакли — редкий случай, когда основа почти наверняка не русская по происхождению, но при этом фамилия оформлена по русской словообразовательной модели. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шаклин, но со временем конечный -н мог отпасть или фамилию записали в усечённой форме. Впрочем, версия с суффиксом -и без наращения -н тоже возможна, если перед нами тюркская или кавказская фамилия, русифицированная на письме.

Самая вероятная основа — тюркское прозвище или имя Шакли. В ряде тюркских языков «шак» означает «щель», «расщелина», «трещина», а также «кусок», «осколок». Тогда Шакли — человек, получивший прозвище за внешность (например, щербатый, со щелью в зубах) или за характер (резкий, «колкий»). В башкирском и татарском языках встречается слово «шак» в значении «подозрительный», «странный» — прозвище могли дать нелюдимому или чудаковатому человеку.

Менее распространённая, но не исключённая версия — связь с арабским именем Шакиль (красивый, статный). Через тюркское посредничество имя могло трансформироваться в Шакли, а затем закрепиться как фамилия. В таком случае значение противоположно первому варианту — предка могли назвать за красоту.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, северный Кавказ. Встречается также у южных славян (сербы, хорваты), но там она, скорее всего, восходит к топониму Шакле (селение в Хорватии) или к диалектному «шакля» — закуток, клеть. Однако для русской фамилии Шакли южнославянский след маловероятен: она могла появиться у переселенцев, но не стала массовой.

Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не даёт намёков на дворянство или духовенство. Скорее всего, носители фамилии — крестьяне или мещане из тюркоязычной среды, принявшие православие и вместе с ним русскую фамильную модель. В документах XIX века Шакли нечастые гости, что подтверждает её локальный и немногочисленный характер.