Фамилия Шаконова — женская форма фамилии Шаконов. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Шакон, а фамилия образована с помощью самого распространённого русского патронимического суффикса -ов. Модель простая: Шакон → сын Шакона → Шаконовы. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шако́нов.

Корень «Шак-» не является исконно русским. Скорее всего, он тюркского происхождения. В тюркских языках слово «шак» (şaq) может означать «время», «пора», «момент». Прозвищем Шакон могли наградить пунктуального человека или того, кто родился в определённое, значимое для семьи время. Вторая версия связывает основу с диалектным тюркским «шак» — «крик», «шум». Тогда Шакон — крикливый, шумный человек, либо глашатай, зазывала. Менее вероятно, но возможно, что это усечённая форма от арабского имени Шакир (благодарный) с местным фонетическим изменением.

Фамилия Шаконова встречается преимущественно на Северном Кавказе, особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это указывает на адыгское (черкесское), карачаево-балкарское или осетинское происхождение. В русском контексте фамилия редкая и, скорее всего, пришла в центральные регионы вместе с миграцией с Кавказа. Среди однокоренных фамилий — Шаков, Шакин, Шакиров, но Шаконова стоит особняком из-за своего редкого суффиксального оформления: -онов вместо привычного -ов после твердого согласного встречается нечасто.