Фамилия Шакубаев — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в кругу казахских, башкирских и татарских фамилий. Основа здесь — личное мужское имя Шакубай, которое, в свою очередь, составное. Первая часть восходит к арабскому «Шакур» (благодарный, признательный, одно из имён Аллаха), вторая — «бай» (хозяин, богач, господин). Таким образом, имя Шакубай можно перевести как «благодарный господин» или «богатый благодарностью».

Фамилию образовали по русской патронимической модели: к основе на согласный добавили суффикс -ев. Это типичная история для народов, вошедших в состав Российской империи: при переписях и учёте исконное имя отца (Шакубай) превращали в фамилию сына (Шакубаев). Окончание -ев, а не -ов, появилось из-за мягкого звука [б] в конце имени — в русской грамматике после мягких согласных и шипящих пишется -ев.

Если искать однокоренные параллели, то в ономастике встречаются фамилии Шакуров (от имени Шакур), Шакуба и просто Байшуаков. Важно не путать Шакубаева с фамилией Шакубов — последняя образована напрямую от арабского имени Шакуб, что бывает у народов Кавказа.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и западному Казахстану. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии чаще всего записаны как «башкиры-вотчинники» или «казаки» — то есть предки были не крепостными, а либо военно-служилым сословием, либо свободными скотоводами-общинниками. Это важная деталь: суффикс -бай в имени указывает на достаток, а значит, родоначальник мог быть зажиточным человеком, старшиной или баем.