Фамилия Шакуно — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти сразу, и это не русские земли. Она явно несёт следы украинского или белорусского языкового влияния. Ключ к разгадке — финальное -о, которое в восточнославянских фамилиях часто указывает на западный ареал: Украина, юго-запад Беларуси, реже Польша. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, такие формы закрепились в устной традиции, без книжной русификации.

Основа фамилии — Шакун. Это прозвище, которое, скорее всего, образовано от глагола «шакать» или «шакувать». В украинских и белорусских говорах эти слова означают «шататься без дела», «слоняться», «бродить». Соответственно, Шакуном могли прозвать непоседливого человека, бродягу или того, кто часто менял место жительства. Есть и другая, менее распространённая версия: связь с диалектным «шакун» — вид дикого гуся или утки. Тогда прозвище мог получить охотник или человек с характерной походкой, напоминающей птицу.

Суффикса -о в фамилии нет — это окончание, которое заменило типичное -ов/-ев. Получается, что Шакуно — это не что иное, как «сын Шакуна» или «человек из рода Шакунов», но записанное в местной, «окающей» манере. Такая модель типична для Волыни, Подолья и Полесья. В официальных документах XIX века подобные фамилии часто искажали, добавляя русские окончания, но вариант Шакуно устоялся.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Шакуно — это, вероятнее всего, потомки крестьян или казаков. Фамилия не дворянская и не купеческая, что подтверждается её простой, прозвищной основой. Встречается она и сегодня, но крайне редко, в основном на Украине и в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках.

Если сравнивать с однокоренными, то известна фамилия Шакун (без окончания), которая распространена шире. Шакуно — её более редкая, локальная форма, сохранившая старую систему склонения. В разговоре такую фамилию не склоняют, что тоже выдает её нерусское происхождение.